Misja NMM została jasno określona w Statucie Fundacji:
1."Badania naukowe obejmujące wszelkie aspekty historii niemieckiej żeglugi".
2."Kolekcjonowanie, konserwowanie, dokumentowanie i eksponowanie materiałów historycznych związanych z niemiecką żeglugą".
3."Publiczna prezentacja zagadnień związanych z niemiecką historią morską dzięki wykorzystaniu narzędzi wystawienniczych i naukowych oraz środków technicznych, jakimi dysponuje Fundacja”.
Muzeum wypełnia tak sformułowaną misję w swojej codziennej pracy, jako muzeum narodowe i członek Stowarzyszenia Leibniz.
Wyniki badań naukowych prowadzonych przez NMM znajdują odzwierciedlenie w publikacjach oraz wystawach stałych i specjalnych, organizowanych w regularnych odstępach czasu. Wszystkie zainteresowane osoby – zarówno naukowcy, jak i laicy – mają możliwość skorzystania z serwisu NMM, który oferuje dostęp do muzealnych zasobów ikonograficznych, dokumentacyjnych i materialnych.
Celem tych działań jest dotarcie z wynikami badań naukowych do jak najszerszego grona odbiorców, bowiem w dobie zalewu informacji medialnych szczególnie ważne dla NMM jest, aby – poprzez prezentację autentycznych obiektów i oryginalnych zabytków – podkreślić oryginalność i niezależność Muzeum jako instytucji kulturalnej.
NMM wspiera również rozwój młodych naukowców. Uczniowie i studenci mogą ubiegać się o staż lub stanowiska związane ze zdobywaniem kolejnych stopni naukowych do stopnia doktora włącznie. Przy czym należy zaznaczyć, że historia morska jest relatywnie młodą poddyscypliną historii, nie posiada ani tradycji badawczej, ani pełnej analitycznej metodologii potrzebnej do badania wszystkich jej aspektów.
Badania NMM oparte są na systematycznie gromadzonej kolekcji źródeł. Została ona zdigitalizowana przy pomocy oprogramowania „MuseumPlus”, używanego również przez szereg innych instytutów naukowych. Dzięki stałemu przeglądowi katalogu zasobów materialnych, na potrzeby badań naukowych otwierane są kolejne działy kolekcji.

