Con l’età romana, l’organizzazione e l’occupazione del territorio cambiarono completamente. In particolare, lungo il litorale troviamo resti sommersi che provano una attività commerciale concentrata e prevalentemente connessa con i porti greci. Nella zona nord-occidentale della Baia di Saturo sono stati identificati almeno 2 relitti che risalgono al 2° secolo a.C.: una nave con un carico di anfore e l’altra che trasportava pietre da costruzione.
Dopo la riconquista romana ad opera di Quinto Fabio Massimo nel 209, che comportò il massacro indistinto di Tarantini, Cartaginesi e Bruzi, nel 202 Taranto divenne “foederata”. Questo portò ad una riduzione delle ricchezze e delle fortificazioni e soprattutto della crescita della popolazione, in quanto migliaia di cittadini erano morti o erano stati deportati a Roma. I cittadini dovettero consegnare la flotta e le armi, pagare un tributo annuo e cessare di battere moneta. Una gran parte del territorio fu confiscata dai Romani.
Nel 123 a.C. sulla base delle sfortunate leggi agrarie dei Gracchi fu deciso di utilizzare l’ager publicus per la fondazione di una colonia di cives romani (cittadini di pieni diritti politici) che prese il nome di Colonia Neptunia Tarentum.
I fermenti e i contrasti che si determinarono nella federazione romana tra II e I sec. a.C., culminando nella secessione degli Italici, condussero ben presto ad una concessione dei diritti politici a tutte le comunità urbane della penisola a sud di Rimini.
La rifondazione romana della città dopo il 59 a.C. crea le condizioni per una riorganizzazione del sistema di rifornimento idrico, necessario per la fruizione pubblica, ma anche per la gestione degli impianti termali, complessi pubblici che qualificavano in maniera particolare la qualità ed il livello di una città contemporanea.
