Situat al barri de la Ciutadella, el Musée Portuaire es troba en un antic magatzem de tabac construït l'any 1869 al costat dels molls històrics.
El magatzem, utilitzat per emmagatzemar tabac importat, és un exemple notable de l'arquitectura del segle XIX.
Té una superfície de 5.000 m2 que s'estén en quatre plantes i cada planta està dividida en 5 espais mitjançant parets de maons. El sostre i el terra són de fusta.
Afortunadament, a excepció del sostre, l'edifici va escapar de la destrucció durant el bombardeig de la Segona Guerra Mundial. L'any 1972 va quedar fora de servei i va ser restaurat pel seu nou propietari, les Autoritats del Districte de Dunquerque i, des del 1992, ha acollit el Musée Portuaire.
